Ứng dụng chính của thủy ngân(II) chloride là làm chất xúc tác cho quá trình acetylen (C2H2) biến đổi thành vinyl chloride (C2H3Cl), tiền thân của polyvinyl chloride:

Chất phản ứng hóa học

Hợp chất đôi khi được sử dụng để tạo thành một hỗn hợp (hỗn hống) với các kim loại, chẳng hạn như nhôm. Nhôm đã được hỗn hống với thủy ngân sẽ được dùng làm chất khử trong tổng hợp hữu cơ. Kẽm cũng thường được hỗn hống bằng cách sử dụng thủy ngân(II) chloride. Hợp chất còn có thể được sử dụng làm chất ổn định cho các hóa chất và mẫu phân tích.[3]

Trong nhiếp ảnh

Thủy ngân(II) chloride từng được dùng để khuếch đại ảnh tạo ra hình ảnh tích cực trong quá trình collođion ảnh những năm 1800.[4]

Trong bảo quản mẫu vật

Để bảo tồn những mẫu vật nhân loại học và sinh vật học vào cuối thế kỷ XIX và đầu thế kỷ XX, các hiện vật này được nhúng vào hoặc được sơn ngoài với một "dung dịch thủy ngân". Việc này làm cho những vật mẫu không bị giảm chất lượng và mục rửa. Là một trong ba hóa chất được sử dụng trong xử lý gỗ đường sắt giữa 1830 và 1856 ở châu Âu và Mỹ. Tuy nhiên, phương pháp này ngày nay không còn được áp dụng phổ biến nữa, vì dung dịch thủy ngân có thể tan được trong nước và không có hiệu quả lâu dài, lại còn độc hại. 

Trong y học

Thủy ngân(II) chloride từng được dùng để khử trùng vết thương bởi những thầy thuốc Ả Rập thời trung cổ.[5] Và nó vẫn tiếp tục được những bác sĩ Ả Rập thế kỷ XII sử dụng, cho đến khi y học hiện đại chứng minh thủy ngân có độc tính.

Bệnh giang mai và bệnh ghẻ cóc thường được điều trị bằng thủy ngân(II) chloride vào thời xưa trước khi có kháng sinh.